Este museo fue creado el  7 de junio de 1957, bajo la Dirección del presbítero salesiano Dr. Manuel  Jesús Molina. En el año 1983 se le impone su nombre en homenaje a su esmerada labor de investigación, recolección y clasificación de material paleontológico, mineralógico, botánico y antropológico en la zona.

Posee sala de paleontología donde se exhiben restos fósiles de la región por Eras, los vertebrados ocupan una sala aparte con réplicas y reproducciones en vida de dinosaurios mesozoicos y mamíferos terciarios y cuaternario, vitrinas con muestras de restos de las eras Paleozoica, mesozoica y cenozoica;  sala de geología, sala de bellas artes en la que se montan muestras temporarias de artistas de todo el país y sala participativa de ciencias.

Este museo de 1000 m2 se encuentra dentro de las instalaciones del Complejo Cultural Santa Cruz inaugurado el 24 de octubre de 1997, habilitando las salas de Paleontología y Sala interactiva de Ciencias.